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一、【单晶】单晶作图软件Diamond安装与使用

单晶作图软件Diamond的安装与使用

一、Diamond软件的下载与安装下载软件Diamond软件的下载地址为：https://shiyanjia-reports.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/Diamond%203.7z。点击上述链接，下载Diamond 3的压缩包。安装软件打开下载的压缩包，找到并双击“Diamond 3”文件夹。在文件夹中，双击底下的应用程序图标，即可完成安装。安装过程简易快捷，无需进行繁琐的配置。

二、Diamond软件的使用打开CIF文件启动Diamond软件后，点击菜单栏中的“File”选项，选择“Open a file”。在弹出的文件选择窗口中，找到并选中要作图的CIF文件，然后点击“打开”。根据提示，一直点击“下一步”，直到完成文件加载。加载完成后，可能会弹出一个窗口，直接点击“取消”即可。设置键长范围进入软件主界面后，首先需要根据CIF文件中的键长信息，设置合适的键长范围。在主界面上方的工具栏中，找到并点击“Evaluate”按钮，预排除一些不能成键的原子对。然后，在左侧的“Bonding”选项卡中，检查并调整成键范围。可以依据给定的键长表或在CIF文件中查看的键长信息，逐一检查并调整。检查无误后，点击“Connect Now”按钮，最后点击“OK”完成键长设置。生成单个分子结构式在主界面上方的工具栏中，找到并点击相应的图标（通常是一个分子结构的图标），即可生成单个分子的结构式。生成的结构式可以根据需要进行旋转、缩放等操作，以便更好地观察和分析。设计原子、键长和多面体原子设计：点击菜单栏中的“Atom Designs...”选项，可以对原子的颜色、半径和风格进行设计。在“Style and Colors”选项卡中，可以修改原子的颜色和风格；在“Model and Radii”选项卡中，可以修改原子的类型（如球棍、椭球）和半径大小。键长设计：点击菜单栏中的“Bond Designs...”选项，可以对原子间键的颜色和粗细进行调整。根据需要选择合适的颜色和粗细即可。多面体设计：点击菜单栏中的“Polyhedron Designs...”选项，可以对多面体进行配色。这种设计主要用于MOF或无机单晶等结构繁琐的分子。标序号选中一个原子，右键点击并选择“Add”选项，然后选择“Atom Labels”。在弹出的窗口中，先进行“Text”设置，选择“Individual text”并输入原子编号。然后改变字体颜色和大小，最后点击“OK”完成序号标注。调整图片大小和像素点击菜单栏中的“Layout”选项，然后选择“Bitmap”。在弹出的窗口中，可以根据杂志的要求设置图片的像素、长和宽。设置完成后，点击“Apply Now”应用更改。如果图片太大或太小，可以使用放大或缩小工具进行调整。导出图片调整完图片后，点击菜单栏中的“File”选项，选择“Export”或“Save As”来导出图片。根据杂志的要求选择合适的图片格式（如PNG、JPEG等），并设置文件名和保存路径。点击“保存”即可完成图片的导出。

三、注意事项在使用Diamond软件进行作图时，要确保CIF文件的准确性和完整性。如果CIF文件中的信息有误或缺失，可能会导致作图结果不准确。在进行原子、键长和多面体设计时，要根据实际需要选择合适的参数和样式。避免过度设计导致图片过于繁琐或难以阅读。在导出图片时，要根据杂志的要求选择合适的图片格式和分辨率。确保导出的图片符合发表要求。通过以上步骤，您可以轻松地使用Diamond软件进行单晶作图。希望这些信息对您有所帮助！

二、Diamond —晶体结构可视化软件

Diamond是一款专业的晶体结构可视化软件，适用于原子水平的晶体模型创建与展示，支持多种数据格式导入导出，具备强盛的建模、可视化、动画及探索分析功能，适用于科研、教育及出版展示等领域。具体介绍如下：软件简介Diamond是一款在原子水平实现晶体结构可视化的化学专业软件，自开发以来经历了多个版本的迭代，功能不断完善。它不仅能创建晶体模型，还能以线状、球棍状、空间堆积状、多面体形式等多种形式展示模型，且模型可自由旋转、移动和缩放。用户可以用着色方案对原子进行强调和渲染，也可以对晶体模型进行文字标注。适用场景：拥有晶体结构数据（如空间群参数、单胞参数、原子参数或Cif文件等），希望绘制用于演示文稿或出版物的高质量图片。了解晶体结构的构造原理，并通过各种方式向客户展现晶体构造原理。软件功能输入和输出：支持Diamond专有二进制文件格式（扩展名：diamdoc），可存储多个结构的数据集，包括原子参数、细胞参数、空间群、各向异性位移参数、连接参数及化学和书目数据等。支持从多种数据格式自动导入，如CRYSTIN、FDAT、布鲁克海文蛋白质数据库格式、SHELX-9

3、CIF、XYZ、SYBYL MOL和MOL

2、Cerius2(CSSR)、MDL MOL等。出口结构数据支持CIF、SCHAKAL、XYZ格式。支持2D图形结构图输出（如WMF、BMP、GIF、JPG和PNG文件），以及VRML结构图的3D世界输出。支持在文档之间剪切、复制或粘贴数据集，允许创建小的“数据库”。支持搜索化学、晶体或书目数据，在选定目录中的选定类型的文件中进行搜索。建设：提供可选辅助工具，有助于从头开始创建或修改结构图片。“Auto Picture Creator”功能可在一个停靠窗口的侧端与结构图片交互，改变图片的建设以及图片的设计和观看方向。“Building schemes”（在Diamond 3中称"Auto-Builder"）可自动创建图片或根据用户定义的策略构建图片，适用于可视化许多类似的结构。支持晶体和分子结构之间的转换，即细胞和对称信息的添加或删除。提供多种填充方式，如选择中心原子的单位细胞、多个细胞、任何细胞范围或盒或球的填充等。支持构建晶格原子的选择（“过滤器”），创作原子的环境中可以从原子网站Dirichlet域进行讨论。提供自动债券创造功能，基于连接或手动插入的债券之间的两原子。支持添加所有的原子（和可选的键、氢键、联系人）原子的参数列表以及连接参数列表。支持从作为初始原子的参数列表中生成原子，用于建立繁琐的框架。支持完成选定的原子周围的配位球，以及“Pump up”功能在选定的原子和它的反转的多个领域的一代。支持分子单位的定义（从原子参数列表），并从分子单元在对称等效位置的产生。支持在选定的原子或分子附近搜寻分子，以及分子填料（长方体、球体、创作板或层）。支持“生长”和“切割”功能，用于聚合物或分子碎片的膨胀和还原。支持创建“断开”债券信号无穷小的链、层或3D框架，并可在“断开”与正常债券之间进行转换。支持氢键和非键接触连接定义，以及扩展到邻近的原子或分子通过氢键和/或联系人建立分子簇和反转（“减少”）。支持结构图片之间的结构部分的剪切、复制和粘贴。提供内置框架的用户控制拆除功能，以及多步撤消和重做功能（带图片缩略图）。可视化：提供“设计方案”（一种样式表），包含图片设计和查看设置，可快速、方便地应用到其他结构图片。支持多种布局模式，如正则/窗口、用于打印输出的A4页面大小白色背景、对于一个给定的x和y维度和DPI分辨率位图创作等。提供可变缩放因子，增强了“页面视图”模式。支持多种模型分配到全局或单独对单个或多个原子，如球和棍(常规)、椭球体、空间填充、棍棒或电线（取决于债券半径）等。支持沿特殊轴或向特殊平面的视图的定义，以及中央或平行投影、景深效果和立体显示。提供真实感渲染模型定义的光源和材料特性（OpenGL）。支持原子团和键的颜色、样式和半径的变化，每一个单一的原子的个别设计是可能的。支持原子和键半径随鼠标滚轮的变化，以及ORTEP-like原子类型（椭圆廓）在平模和渲染。提供可选包和双色键，以及原子和债券的标签。用户定义的文本可以放置在任意位置的图片。支持配位多面体生成，围绕所选择的组的中心原子或单个选择的原子，或从选定的配位体原子组合，任选地具有透明或半透明的表面。提供增强的配位多面体结构，如定义的边缘和角的选择（点击）原子和债券、删除边缘以增加三角形到更高的多边形、同一个站点的原子之间的多面体建筑的复制和粘贴等。支持（透明）晶格平面和（最佳）平面或线通过选定的原子的定义，以及向原子中加入载体来表示磁力矩。支持可视化的氧化数种颜色差异、场地占用等因素，以及全屏视图(与窗框、菜单、工具栏隐藏)。动画：支持运动结构的图片，包括旋转在x、y或z轴、水平或垂直转移在绘图区域、放大倍数的变化、相机距离的变化等模式。提供多种控制方式，如鼠标、每击键键盘、数值通过对话框(输入)等。支持可选的“自旋”功能，即加速运动，以及连续的运动，它可以被打断、继续。提供“Grab”模式，鼠标光标在一个原子的轨迹球旋转。用鼠标右键按下按钮。用鼠标滚轮改变放大系数。支持Walk-through模式，使相机/观众浏览的结构图片。提供录音机功能，有助于创造的视频序列，如AVI文件。探索：支持鼠标光标下原子的邻域预览与鼠标滚轮的预览球变量半径。提供粉末图样计算功能，包括衍射参数变化、衍射图配置、通过追踪2θ范围反射参数表放大/缩小等。支持距离和角度计算（包括标准的不确定性），可在一个可配置的表中对于选择的原子类型和一个相当大的距离范围、当前在结构图片中选择的原子（s）进行计算，并以颜色编码距离直方图图示距离。支持测